Органічною складовою цілісної системи професійної підготовки фахівців з вищою освітою в університеті є науково-дослідна робота здобувачыв вищої освіти. Її головним координуючим органом є Наукове товариство здобувачів вищої освіти та молодих учених ПЗВО «Міжнародний класичний університет імені Пилипа Орлика».
Основними завданнями Наукового товариства здобувачів вищої освіти та молодих учених ПЗВО «Міжнародний класичний університет імені Пилипа Орлика» є:
Науково-дослідна робота здобувачів вищої освіти поділяється на три основні види залежно від змісту і характеру проведення:
Основними формами науково-дослідної роботи здобувачів в університеті є: студентські наукові гуртки; проблемні групи; науково-дослідна робота здобувачів вищої освіти на базі освітніх закладів та підприємств Миколаївської, Одеської та Херсонської областей; участь у олімпіадах, наукових конференціях і конкурсах різного рівня; виконання пошуково-дослідницьких проєктів під час написання курсових і магістерських робіт.
Досвід організації науково-дослідної роботи здобувачів вищої освіти в університеті засвідчив, що сучасні умови й економічна ситуація в країні вимагають модернізації та динамічного вдосконалення їхньої науково-пошукової діяльності, використання нових методичних підходів, організаційних форм та позитивних стимулів, обов’язкового аналізу й упровадження передового досвіду у практику роботи з обдарованою молоддю.
В університеті відбувається перебудова системи організації науково-дослідної роботи здобувачів, яка здійснюється відповідно до нових умов до випускників закладів вищої освіти, базується на використанні багаторічного вітчизняного й зарубіжного досвіду і спрямована на забезпечення високого рівня підготовки фахівців за світовими стандартами освіти.